Nöroendoskopik girişimlerde Endoskopun kullanımı hipofiz ve kafa tabanı cerrahisinden daha farklıdır. Nöroendoskopta cerrahi aletler endoskopun içinde bulunan çalışma kanallarından kullanılır.
En sık kullanım alanı çocuk ve erişkin hidrosefalisidir.Özellikle lateral ve 3.ventriküllerin genişlediği triventriküler hidrosefali en yaygın endikasyon alanıdır.Bunun yanında araknoid kistler gibi kistik genişlemelerin ağızlaştırılmasında, ventrikül içinde yerleşmiş kistik lezyonların boşaltılmasında ve bazı lezyonların biopsisinde kullanılabilir.

Nöroendoskopun kullanımı sayesinde shunt uygulanmıs hastalarda hidrosefalinin şantsız tedavisinde umut ışığı olmuştur. Endoskop vasıtasıyla Üçüncü Ventrikül tabanının ve Araknoid Membranların açılması ile BOS dolanımı sağlanarak hidrosefali tedavi edilebilmektedir.

Ancak Endoskopik ventrikülostomi sırasında açılan üçüncü ventrikül taban yapısı (opak ya da saydam) interpedinküler ve prepontin alandaki araknoid membran yapıları cerrahinin başarısında etkili faktörlerdir.